Initiationsriten markieren noch in vielen Gesellschaften den Übergang ins Erwachsenenalter. Sie vermitteln traditionelle Erziehung und bereiten die Mädchen auf ihr zukünftiges Leben als Frau vor. Die Feiern sind oft Anlass für tagelange Feste der gesamten Gemeinde, obwohl die Beschneidung für Mädchen und Frauen eine dauerhafte Verstümmelung und Behinderung bedeutet und im Christentum und im Islam nicht verlangt wird.

Zu den Religionsgruppen, die die Beschneidung weiblicher Genitalien praktizieren, zählen in erster Linie Muslime, aber auch Christen verschiedener Glaubensrichtungen, eine Minderheit äthiopischer Juden und Anhänger traditioneller Religionen. Die Praktik hängt in erster Linie mit der Zugehörigkeit zu bestimmten Volksgruppen zusammen.

Die Wurzeln der Praktik reichen in die vorislamische und vorchristliche Zeit zurück. In muslimisch geprägten Ländern, in denen weibliche Genitalverstümmelung vorkommt, gibt es unter religiösen Autoritäten eine Vielfalt rechtlicher Auslegungen hinsichtlich dieser Praktik und daher oft keine einheitliche Haltung. In diesen Ländern wird die weibliche Genitalverstümmelung häufig damit gerechtfertigt, dass der Koran die Tradition vorschreibe. Es gibt, trotz gegenteiliger Behauptungen, keine Textstelle des Koran, die diese Praxis verlangt.
2006 hat die Al-Azhar-Universität in Kairo, eine der angesehendsten Universitäten im Islam, eine religiöse Stellungnahme, eine sogenannte Fatwa, erlassen.
Die Fatwa von Kairo gegen die genitale Verstümmelung, 2006 verurteilt Genitalverstümmelung bei Mädchen und Frauen als Praktik, die ohne Grundlage im Koran ausgeführt wird und die Frauen körperlichen und seelischen Schaden zufügt. Sie ruft alle Musliminnen und Muslime, Vertreterinnen und Vertreter von Bildungseinrichtungen, nationale Gesetzgebungseinrichtungen, internationale und regionale Institutionen sowie Medien auf, alles zu tun, um sie zu überwinden.

In der Bibel wird die weibliche Genitalverstümmelung nicht erwähnt.